内窥镜中心总面积约1400平米，由消化内镜中心、呼吸内镜中心、耳鼻喉镜室组成，是目前市内面积最大、设备最先进、检查项目最齐全的内镜中心之一。

       消化内镜中心隶属于安庆市重点培育学科消化内科，成立于1972年。现有胃镜室、肠镜室、超声内镜室、ERCP检查室、胶囊内镜、VIP检查室、内镜洗消中心、麻醉复苏室。专科人才梯队合理，现有医护人员15人，主任医师1名，副主任医师3名，硕士3名。拥有奥林巴斯电子内镜系统、宾得电子内镜系统、富士能电子内镜系统共6套（其中超声内镜系统2套，双气囊小肠电子内镜系统1组），配有电子胃镜8条，电子肠镜6条，电子十二指肠镜2套，拥有进口胶囊内镜1套，配有ERBE氩离子凝固器、高频电凝发生器、GE麻醉机，在市内唯一一家单独配置国内先进的ERCP室。中心除开展常规胃镜、肠镜、幽门螺杆菌(HP)检测、放大肠镜、色素内镜、超声内镜、双气囊小肠镜、胶囊内镜和ERCP检查外，还开展众多内镜下治疗，如食管曲张静脉圈套术和硬化剂注入术、内镜下钛夹治疗术、息肉摘除术、异物取出术、内镜下经皮胃造瘘术、内镜下早癌、EMR、ESD术、ERCP/EST、胃肠肿瘤放射粒子植入术等，在省内较早常规开展无痛胃肠镜诊查。中心每年开展检查20000余人次。

      呼吸内镜中心隶属安庆市临床医学重点学科呼吸内科，成立于建院之初，是国内最早开展支气管镜检查的单位之一。拥有奥林巴斯（BF-240、BF-1T260）、富士等多种规格的电子支气管镜、纤维支气管镜，德国ERBE氩等离子体凝固器等设备，并购进内科胸腔镜，可以进行常规支气管镜检查、支气管粘膜活检、刷检，支气管肺泡灌洗、经支气管肺活检（TBLB）、经支气管针吸活检（TBNA）、经支气管镜气道内异物取出、复杂气道病变APC、高频电圈套治疗、气道狭窄球囊扩张、经气管镜气道肿瘤后装放疗、气道内肿瘤的腔内治疗、经气管镜支架置入等内镜下诊断和介入治疗。每年完成支气管镜检查和治疗1000多例次，并逐年增多。中心经过近年的发展，显著提高了支气管结核、肺部肿瘤、纵隔病变、周围结节性病变的诊断和治疗水平。内镜诊疗已成为下呼吸道感染病原学诊断的可靠手段，并且能为间质性肺病等疑难病的鉴别诊断提供重要信息。呼吸内镜中心拥有一支团结向上、经验丰富、与时俱进、全心全意为患者服务的医疗专家队伍。其中，主任医师3人，副主任医师1人，主治医师3人。

      耳鼻喉镜室隶属耳鼻喉科，系全军耳鼻咽喉头颈外科中心医疗联合体。拥有德国 XION MatrixE全新一代电子鼻咽喉镜，可进行所有传统硬性喉镜的检查，应用覆盖整个耳、鼻、鼻咽和喉部，并具有声音的诊断和治疗功能。鼻咽喉镜可用于以下疾病的诊断：重症喉炎、癌变、声带水肿、息肉、囊肿、声带麻痹、外伤、功能性的发音障碍等。电子鼻咽喉镜为目前全球最先进的咽喉和声音检查产品，提供了几乎所有已知的检查手段和方法。如今该科鼻咽喉（特别是喉部）的诊断和治疗水平处本市前列。

内窥镜中心严格按照《内镜清洗消毒技术操作规范》标准设计，拥有设备最先进的内镜洗消中心2个，配有集成内镜洗消工作站2套，国际最先进的全自动洗消机1台，内镜消毒技术处于国内先进水平。